Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Duke Nukem 3D ondersteunt minimaal 3 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Duke Nukem 3D ondersteunt zijn .ANM. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Duke Nukem 3D op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Duke Nukem 3D.
Duke Nukem 3D kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Duke Nukem 3D en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Duke Nukem 3D.