Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Duke Nukem ondersteunt minimaal 4 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Duke Nukem ondersteunt zijn .IMF. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Duke Nukem op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Duke Nukem.
Duke Nukem kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Duke Nukem en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Duke Nukem.