Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Dr. Halo III ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Dr. Halo III ondersteunt zijn .CUT. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Dr. Halo III op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Dr. Halo III.
Dr. Halo III kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Dr. Halo III en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Dr. Halo III.