Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Doom 3 ondersteunt minimaal 5 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Doom 3 ondersteunt zijn .SAVE. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Doom 3 op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Doom 3.
Doom 3 kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Doom 3 en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Doom 3.