Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Doctor Who ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Doctor Who ondersteunt zijn .EPC. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Doctor Who op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Doctor Who.
Doctor Who kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Doctor Who en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Doctor Who.