Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. DL_POLY ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die DL_POLY ondersteunt zijn .HISF. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in DL_POLY op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door DL_POLY.
DL_POLY kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via DL_POLY en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door DL_POLY.