Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. DIVA-GIS ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die DIVA-GIS ondersteunt zijn .DIX. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in DIVA-GIS op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door DIVA-GIS.
DIVA-GIS kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via DIVA-GIS en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door DIVA-GIS.