Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Disk Drill ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Disk Drill ondersteunt zijn .CFB. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Disk Drill op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Disk Drill.
Disk Drill kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Disk Drill en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Disk Drill.