Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. DisCryptor ENTERPRISE ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die DisCryptor ENTERPRISE ondersteunt zijn .DCO. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in DisCryptor ENTERPRISE op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door DisCryptor ENTERPRISE.
DisCryptor ENTERPRISE kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via DisCryptor ENTERPRISE en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door DisCryptor ENTERPRISE.