Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. DiscJuggler ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die DiscJuggler ondersteunt zijn .CDI. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in DiscJuggler op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door DiscJuggler.
DiscJuggler kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via DiscJuggler en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door DiscJuggler.