Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Digidesign Pro Tools LE ondersteunt minimaal 4 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Digidesign Pro Tools LE ondersteunt zijn .PT4. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Digidesign Pro Tools LE op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Digidesign Pro Tools LE.
Digidesign Pro Tools LE kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Digidesign Pro Tools LE en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Digidesign Pro Tools LE.