Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Desktop Guitar ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Desktop Guitar ondersteunt zijn .DTG. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Desktop Guitar op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Desktop Guitar.
Desktop Guitar kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Desktop Guitar en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Desktop Guitar.