Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Darwine ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Darwine ondersteunt zijn .EXE. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Darwine op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Darwine.
Darwine kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Darwine en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Darwine.