Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Dark Flow ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Dark Flow ondersteunt zijn .DFK. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Dark Flow op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Dark Flow.
Dark Flow kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Dark Flow en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Dark Flow.