Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Cute Cut ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Cute Cut ondersteunt zijn .CUTECUTPROJECT. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Cute Cut op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Cute Cut.
Cute Cut kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Cute Cut en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Cute Cut.