Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Custody Toolbox ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Custody Toolbox ondersteunt zijn .CTZ. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Custody Toolbox op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Custody Toolbox.
Custody Toolbox kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Custody Toolbox en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Custody Toolbox.