Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Cubase ondersteunt minimaal 17 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Cubase ondersteunt zijn .CPR. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Cubase op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Cubase.
Cubase kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Cubase en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Cubase.