Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Crossword Genius ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Crossword Genius ondersteunt zijn .WSR. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Crossword Genius op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Crossword Genius.
Crossword Genius kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Crossword Genius en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Crossword Genius.