Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Crick Software Clicker ondersteunt minimaal 5 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Crick Software Clicker ondersteunt zijn .CLKX. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Crick Software Clicker op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Crick Software Clicker.
Crick Software Clicker kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Crick Software Clicker en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Crick Software Clicker.