Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Cool Reader ondersteunt minimaal 5 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Cool Reader ondersteunt zijn .FB2. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Cool Reader op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Cool Reader.
Cool Reader kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Cool Reader en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Cool Reader.