Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Control Runner ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Control Runner ondersteunt zijn .BT3. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Control Runner op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Control Runner.
Control Runner kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Control Runner en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Control Runner.