Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Connected Components Workbench ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Connected Components Workbench ondersteunt zijn .CCWSLN. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Connected Components Workbench op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Connected Components Workbench.
Connected Components Workbench kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Connected Components Workbench en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Connected Components Workbench.