Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Commandos 3 ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Commandos 3 ondersteunt zijn .PCK. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Commandos 3 op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Commandos 3.
Commandos 3 kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Commandos 3 en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Commandos 3.