Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Commander Keen: Invation of the Vorticons Trilogy ondersteunt minimaal 3 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Commander Keen: Invation of the Vorticons Trilogy ondersteunt zijn .CK3. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Commander Keen: Invation of the Vorticons Trilogy op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Commander Keen: Invation of the Vorticons Trilogy.
Commander Keen: Invation of the Vorticons Trilogy kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Commander Keen: Invation of the Vorticons Trilogy en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Commander Keen: Invation of the Vorticons Trilogy.