Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Commander Keen: Goodbye Galaxy Set ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Commander Keen: Goodbye Galaxy Set ondersteunt zijn .CK4. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Commander Keen: Goodbye Galaxy Set op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Commander Keen: Goodbye Galaxy Set.
Commander Keen: Goodbye Galaxy Set kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Commander Keen: Goodbye Galaxy Set en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Commander Keen: Goodbye Galaxy Set.