Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Commander Keen: Aliens Ate My Babysitter ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Commander Keen: Aliens Ate My Babysitter ondersteunt zijn .CK6. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Commander Keen: Aliens Ate My Babysitter op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Commander Keen: Aliens Ate My Babysitter.
Commander Keen: Aliens Ate My Babysitter kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Commander Keen: Aliens Ate My Babysitter en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Commander Keen: Aliens Ate My Babysitter.