Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Command and Conquer ondersteunt minimaal 3 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Command and Conquer ondersteunt zijn .PAL. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Command and Conquer op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Command and Conquer.
Command and Conquer kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Command and Conquer en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Command and Conquer.