Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Comic Seer ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Comic Seer ondersteunt zijn .CBR. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Comic Seer op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Comic Seer.
Comic Seer kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Comic Seer en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Comic Seer.