Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Comanche 4 ondersteunt minimaal 3 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Comanche 4 ondersteunt zijn .TSD. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Comanche 4 op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Comanche 4.
Comanche 4 kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Comanche 4 en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Comanche 4.