Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Cog ondersteunt minimaal 13 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Cog ondersteunt zijn .FLAC. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Cog op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Cog.
Cog kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Cog en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Cog.