Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Coconut Queen ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Coconut Queen ondersteunt zijn .CFGE. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Coconut Queen op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Coconut Queen.
Coconut Queen kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Coconut Queen en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Coconut Queen.