Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. CocoModX ondersteunt minimaal 14 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die CocoModX ondersteunt zijn .PTM. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in CocoModX op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door CocoModX.
CocoModX kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via CocoModX en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door CocoModX.