Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Clarify ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Clarify ondersteunt zijn .CLARIFY. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Clarify op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Clarify.
Clarify kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Clarify en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Clarify.