Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Civilization 3 ondersteunt minimaal 3 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Civilization 3 ondersteunt zijn .BIX. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Civilization 3 op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Civilization 3.
Civilization 3 kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Civilization 3 en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Civilization 3.