Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. CinePaint ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die CinePaint ondersteunt zijn .XCF. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in CinePaint op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door CinePaint.
CinePaint kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via CinePaint en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door CinePaint.