Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Chem3D ondersteunt minimaal 4 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Chem3D ondersteunt zijn .C3D2. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Chem3D op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Chem3D.
Chem3D kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Chem3D en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Chem3D.