Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. CheckMark Payroll Software ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die CheckMark Payroll Software ondersteunt zijn .PR5. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in CheckMark Payroll Software op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door CheckMark Payroll Software.
CheckMark Payroll Software kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via CheckMark Payroll Software en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door CheckMark Payroll Software.