Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. CASSY Lab ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die CASSY Lab ondersteunt zijn .LABX. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in CASSY Lab op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door CASSY Lab.
CASSY Lab kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via CASSY Lab en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door CASSY Lab.