Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Carbon Copy Cloner ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Carbon Copy Cloner ondersteunt zijn .SPARSEIMAGE. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Carbon Copy Cloner op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Carbon Copy Cloner.
Carbon Copy Cloner kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Carbon Copy Cloner en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Carbon Copy Cloner.