Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. CAESAR II ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die CAESAR II ondersteunt zijn .CII. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in CAESAR II op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door CAESAR II.
CAESAR II kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via CAESAR II en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door CAESAR II.