Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. CA Desktop DNA Migrator ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die CA Desktop DNA Migrator ondersteunt zijn .DNA. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in CA Desktop DNA Migrator op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door CA Desktop DNA Migrator.
CA Desktop DNA Migrator kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via CA Desktop DNA Migrator en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door CA Desktop DNA Migrator.