Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. BR2PodTools ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die BR2PodTools ondersteunt zijn .BFM. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in BR2PodTools op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door BR2PodTools.
BR2PodTools kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via BR2PodTools en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door BR2PodTools.