Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. BlowFish 2000 ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die BlowFish 2000 ondersteunt zijn .BFA. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in BlowFish 2000 op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door BlowFish 2000.
BlowFish 2000 kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via BlowFish 2000 en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door BlowFish 2000.