Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. BlasterBall 3 ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die BlasterBall 3 ondersteunt zijn .BB3. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in BlasterBall 3 op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door BlasterBall 3.
BlasterBall 3 kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via BlasterBall 3 en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door BlasterBall 3.