Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. BlackBerry Desktop Manager ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die BlackBerry Desktop Manager ondersteunt zijn .BBB. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in BlackBerry Desktop Manager op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door BlackBerry Desktop Manager.
BlackBerry Desktop Manager kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via BlackBerry Desktop Manager en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door BlackBerry Desktop Manager.