Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. BizTalk Orchestration Designer ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die BizTalk Orchestration Designer ondersteunt zijn .SKX. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in BizTalk Orchestration Designer op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door BizTalk Orchestration Designer.
BizTalk Orchestration Designer kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via BizTalk Orchestration Designer en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door BizTalk Orchestration Designer.