Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. BinHex 4.0 ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die BinHex 4.0 ondersteunt zijn .BNHQ. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in BinHex 4.0 op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door BinHex 4.0.
BinHex 4.0 kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via BinHex 4.0 en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door BinHex 4.0.