Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Bib2x ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Bib2x ondersteunt zijn .BBL. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Bib2x op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Bib2x.
Bib2x kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Bib2x en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Bib2x.