Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Beyond Good & Evil ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Beyond Good & Evil ondersteunt zijn .BF. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Beyond Good & Evil op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Beyond Good & Evil.
Beyond Good & Evil kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Beyond Good & Evil en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Beyond Good & Evil.