Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Baseline Security Analyzer ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Baseline Security Analyzer ondersteunt zijn .MBSA. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Baseline Security Analyzer op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Baseline Security Analyzer.
Baseline Security Analyzer kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Baseline Security Analyzer en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Baseline Security Analyzer.